Um die Jahrhundertwende gab es in Offenbach neben der französisch-reformierten Kirche nur zwei evangelische Kirchen: die 1703 eingeweihte Schlosskirche und die 1748 vollendete Stadtkirche. Da diese beiden Kirchen sehr nah beieinander lagen, waren die neuen Teile der größer gewordenen Stadt ohne Kirchraum. So errichtete man 1912 die Friedenskirche und kurz vor Ausbruch des ersten Weltkriegs die Lutherkirche. Nach Kriegsende wurde der Schritt von der Großgemeinde mit mehreren Seelsorgebezirken zu selbständigen Gemeinden vollzogen.

1919 entstand aus dem Nord-West-Bezirk die Johannesgemeinde. Sie verfügte allerdings zunächst weder über einen Gemeinderaum, noch über eine Kirche. Die Gottesdienste fanden abwechselnd in der Schlosskirche und der Friedenskirche statt. 1939 wurde das Grundstück an der Ludwigstraße 131 erworben. Das dortige Gebäude diente als vorläufiger Gemeinderaum.

1954 wurde ein neues Gemeindehaus errichtet, in dem alle Veranstaltungen einschließlich der Gottesdienste stattfanden. 1964 wurde schließlich mit dem Bau der Johanneskirche begonnen, die für 600 Gläubige Platz bieten sollte. Die Gemeinde zählte zu diesem Zeitpunkt 8.500 Mitglieder. Nach einem Architekten-Wettbewerb entschied sich der Kirchenvorstand mit den beiden Pfarrern Joachim Tolksdorff und Dr. Walter Buhl einstimmig für den Entwurf des über Deutschland hinaus bekannten Wiesbadener Architekten Rainer Schell.

Am 30. Oktober 1965 wurde mit einer feierlichen Zeremonie im Vorraum der Kirche der Schlussstein eingefügt. Außer der Urkunde wurden eine Orgelbroschüre, das Programm der Einweihungsfeier, das Programm der Einweihungsmusik, Presseberichte über die Einweihung der Kirche, Auszüge aus dem Kirchenboten für Offenbach, die Johannesblätter aus der Zeit der Einweihung, eine Nummer der Zeitschrift Der Spiegel als auch einige Münzen eingelegt. 

Am 5. Dezember 1965, dem 2. Advent, wurde die neue Kirche mit einem Festgottesdienst in Dienst genommen.